Die Geschichte der 'institutionalisierten' Partnerschaft zwischen der Univerzita Karlova v Praze und Universität zu Köln beginnt nicht erst mit der Unterzeichnung des Partnerschaftsvertrages am 11. Mai 1999 durch den Prager Rektor Prof. JUDr. Dr. h. c. Karel Malý, DrSc. und Prof. Dr. Jens Peter Meincke in den historischen Räumen der Prager Universität. Der Universitätspartnerschaft gingen vielfältige persönliche Wissenschaftskontakte und eine vom DAAD von 1993 bis 2004 geförderte Germanistische Instituts-Partnerschaft (GIP) voraus. Diese enge Partnerschaft in Forschung, Lehre und Studium hat viel zur freundschaftlichen Verbundenheit mit der Karls-Universität beigetragen. Prof. Dr. Dr. h.c. Walter Pape ist als Rektoratsbeauftragter für die Partnerschaft in Köln offizieller Ansprechpartner. Auf Prager Seite vertritt der Prorektor für Internationale Beziehungen, Prof. MUDr. Jan Škrha, DrSc., die Karls-Universität.

Vom 14. bis 16. Mai 2009 wurde in Köln das zehnjährige Bestehen der Universitätspartnerschaft Köln-Prag mit einem Festakt und einem Kolloquium zur Fach- und Universitätsgeschichte beider Universitäten gefeiert. Die Ergebnisse des Kolloquiums sind erschienen in:

Walter Pape (Hrsg.): Zehn Jahre Universitätspartnerschaft. Univerzita Karlova v Praze - Universität zu Köln. Kolloquium zur Universitäts- und Fachgeschichte. Köln: Universitäts- und Stadtbibliothek Köln 2011 (Elektronische Schriftenreihe der Universitäts- und Stadtbibliothek Köln. 3.)

Am 7. April 2010 wurde Walter Pape die Ehrendoktorwürde  als Auszeichnung für seine Verdienste um die tschechisch-deutschen Beziehungen im Bereich Kultur, Wissenschaft und Bildung verliehen.

Ziel der Partnerschaft ist es, den wissenschaftlichen sowie studentischen Austausch zwischen beiden Universitäten zu erleichtern, aber auch erst anzuregen. Ansprechpartner an beiden Universitäten bieten gern ihre Hilfe bei der Kontaktsuche und der Durchführung von Austauschvorhaben an. Es besteht zudem die Möglichkeit, Kooperationsprojekte finanziell zu unterstützen.

Im Frühjahr 2015 wurde der Vertrag über die neue „Global Network Partnership between the Charles University in Prague and the University of Cologne“ unterzeichnet.

In diesem Rahmen fand an der Karlsuniversität Prag vom 3.-5. November 2016 eine Konferenz zu Thema "Intellectuals, Identities and Ideas in the Cultural Space of Central Europe in the 20th and 21st Century" statt und in Vorbereiung ist  dazu für den Herbst 2018 ein Band im Verlag de Gruyter:

Walter Pape und Jiří Šubrt (Hrsg.): Mitteleuropa denken: Intellektuelle, Identitäten und Ideen. Der Kulturraum Mitteleuropa im 20. und 21. Jahrhundert. Berlin: de Gruyter 2019.